細菌が原因となる食中毒は夏場（6月〜8月）に多く発生しています。
その原因となる細菌の代表的なものは、腸管出血性大腸菌（O157、O111など）やカンピロバクター、サルモネラ属菌などです。
食中毒を引き起こす細菌の多くは、室温（約20℃）で活発に増殖し始め、人間や動物の体温ぐらいの温度で増殖のスピードが最も速くなります。
例えば、O157やO111などの場合は、7〜8℃ぐらいから増殖し始め、35〜40℃で最も増殖が活発になります。
また、細菌の多くは湿気を好むため、気温が高くなり始め、湿度も高くなる梅雨時には、細菌による食中毒が増えます。
一方、低温や乾燥した環境中で長く生存するウイルスが原因となる食中毒は冬場（11月〜3月）に多く発生しています。
食中毒の原因となる代表的なウイルスであるノロウイルスは、調理者から食品を介して感染する場合が多く、ほかに二枚貝に潜んでいることもあります。
ノロウイルスによる食中毒は、大規模化することが多く、年間の食中毒患者数の5割以上を占めています。
このほか、毒キノコやフグなどの「自然毒」、アニサキスなどの「寄生虫」なども、食中毒の原因となっています。
このようにさまざまな原因物質によって、食中毒は1年中発生しています。
